Jednak również w tym okresie miała kilku wybitnych przedstawicieli, z których najbardziej znaczącymi byli historyk Giovanni Crisostomo Trombelli (1697-1784) czy matematyk Felice Luigi Balassi (1723-1809).
Poważnym ciosem dla kongregacji były podboje rewolucyjnej Francji i Napoleona Bonaparte na przełomie XVIII i XIX wieku. Większość domów kongregacji została zamknięta; jednym z nielicznych wyjątków była bazylika S. Pietro in Vincoli w Rzymie. Kiedy w 1810 Napoleon zlikwidował wszystkie zgromadzenia zakonne w Królestwie Włoch oraz regionach środkowej Italii przyłączonych bezpośrednio do Francji, przełożony generalny Kongregacji Renańskiej, Vincenzo Garofoli (1760-1839) wyjechał do Neapolu, gdzie zebrał kanoników regularnych wygnanych ze zlikwidowanych domów zakonnych, w tym nie tylko członków swojej kongregacji, ale także byłych członków zniszczonej całkowicie Kongregacji Kanoników Laterańskich.