W 1527 roku, za zgodą pana na Tarnowie, Jana Tarnowskiego, dom Mikołajowski stał się własnością kościelną, przekazaną tarnowskim wikariuszom. W 1555 roku inny prawdopodobnie drewniany dom, po śmierci właściciela Stanisława Białachowskiego, zakupił bakałarz Paweł Łącki. Przed rokiem 1559 dzięki fundacji primiceriusza Mariana Łyczki przebudowano budynek szkolny z drewnianego na murowany. Ponadto w tym samym roku Jan Tarnowski wydał kustoszowi tarnowskiemu Janowi pozwolenie na wzniesienie nowej murowanej budowli na działce pomiędzy domem Mikołajowskim, a budynkiem szkoły.
Pod koniec XVI wieku, za sprawą licznych inwestycji, kościelna działka ograniczona była ze stron północnej i zachodniej zwięzłą pierzeją obiektów przystawionych do miejskich murów obronnych. Z tego względu na przełomie wieków XVI i XVII brakowało miejsca na nowe obiekty zabudowy kościelnej, przez co podjęto decyzję o ograniczeniu na początku XVI wieku powierzchni cmentarza w celach budowlanych. Zespół nowej zabudowy powstawał w owym okresie w miejscu współczesnej czworobocznej części założenia, a największymi rozmiarami z wzniesionych podówczas budowli cechował się dom kolegium psałterzystów, istniejący do końca wieku XVIII.