W 2003 roku z zespołu odszedł perkusista Ron Welty. Jego miejsce zajął Atom Willard, jednak nie uczestniczył on jeszcze w nagrywaniu albumu Splinter – do współpracy zaproszony został Josh Freese, na co dzień perkusista A Perfect Circle.

21 czerwca 2005 roku grupa wydała płytę Greatest Hits z największymi przebojami ze swojej prawie dwudziestoletniej działalności. Płyta zawiera także promujący ją singel Can’t Repeat oraz wydany tylko na Greatest Hits wraz z DVD cover zespołu The Police – Next To You. Wraz z Greatest Hits pojawiło się DVD (Complete Music Video Collection), zawierające wszystkie dotychczasowe teledyski zespołu oraz kilka występów na żywo.

W lipcu 2005 Atom Willard oficjalnie oznajmił, że odchodzi z The Offspring, by skoncentrować się na grze w zespole Angels & Airwaves.

27 lipca 2007 The Offspring ogłosił na swojej stronie internetowej, że Pete Parada będzie nowym perkusistą zespołu i zastąpi Atoma Willarda.