Program pisma wywoływał stałe zatargi z cenzurą i ataki kół klerykalno-konserwatywnych. Żona Julia z Molińskich od 1841 roku była mu dużą pomocą w redagowaniu „Tygodnika”. Korzystając ze swoich zasobów finansowych na wydawanie pisma i honoraria, w 1844 roku stracił cały majątek. Z powodu sprzeciwu władz pruskich nie powiodła się w 1843 roku próba przeniesienia pisma do Wrocławia. W 1845 roku dzięki odziedziczeniu spadku po wuju Władysławie Rutterze, poprawiły się warunki materialne Woykowskich. Z końcem tego roku „Tygodnik Literacki” przestał wychodzić. Wspólnie z żoną i przy współudziale Ewarysta Estkowskiego od stycznia do października 1845 roku redagował „Pismo dla Nauczycieli Ludu” i „Pismo dla Ludu Polskiego”. Wydał w 1848 roku pojedynczy numer pisma politycznego „Kosynier”, który policja skonfiskowała.