Ważnym szczegółem odróżniającym rutę zwyczajną od Ruta chalapensis są płatki korony: u ruty zwyczajnej są pełne, u Ruta chalepensis postrzępione. Owoc Wielonasienna, graniasta torebka z trójkanciastymi, licznymi nasionami.
Biologia i ekologia Roślina wieloletnia, podkrzew, chamefit. Rośnie na miejscach skalistych, piaszczystych, na obrzeżach lasów, w zaroślach, wąwozach. Preferuje tereny o wapiennym podłożu. Kwitnie od kwietnia do czerwca. Pręciki dojrzewają w dwóch etapach: najpierw wyrastające między płatkami, następnie rosnące przed płatkami. Cała roślina ma silny, swoisty, mało przyjemny zapach i gorzki smak.
Własności trujące thumb|Suszone owoce. Jest rośliną trującą. Niewielkie ilości ruty stosowanej jako przyprawa kuchenna wydają się bezpieczne, należy jednak stosować ją w tym celu umiarkowanie. Zawarte w świeżym zielu ruty olejki eteryczne mogą uszkodzić wątrobę i nerki. Odnotowano kilka wypadków śmiertelnych po spożyciu większej ilości preparatów otrzymanych z ruty. Ruta wywołuje działanie poronne, z tego też względu dawniej była używana jako środek aborcyjny.