Poparł Dżadida i radykałów również w czasie zamachu stanu 23 lutego 1966, po którym odsunęli oni od władzy bardziej umiarkowaną frakcję w partii Baas. Suwajdani został w tym samym roku szefem sztabu armii syryjskiej, co również zawdzięczał Dżadidowi, który po przewrocie objął faktyczną władzę w SyriiP. Seale, Asad of Syria. The Struggle for the Middle East, University of California Press, Berkeley-Los Angeles 1989, , s. 105-109..
Pół roku po przegranej Syrii w wojnie sześciodniowej, 15 lutego 1968, Suwajdani został pozbawiony pełnionego stanowiska, do czego dążył przez kilka miesięcy minister obrony Hafiz al-Asad. W jego ocenie Suwajdani był jednym z głównych winnych klęski wojsk syryjskich. Według części źródeł Dżadid uważał, że Suwajdani zamierzał odsunąć go od władzy i sam doprowadził do jego aresztowania. Według innych Dżadid, pod naciskiem innych sunnickich oficerów z Hawranu, starał się bronić Suwajdaniego, jednak bez powodzenia. Według jeszcze innej wersji al-Asad, dążąc do pozbycia się Suwajdaniego, nie kierował się merytoryczną oceną dowodzenia przez niego wojskami w 1967, ale zamierzał usunąć z ważnego stanowiska osobę związaną z Dżadidem (który źle oceniał efekty działań Suwajdaniego, ale nie na tyle, by zarzucać mu wystąpienie antyrządowe), a zastąpić ją własnym protegowanym.