Podobnie do ZWZ wstąpili jego żona Zuzanna (z domu Węcławik, pochodząca ze wsi Skierbieszów, także farmaceutka, w konspiracji przyjęła pseudonim „Ziuk”, od 2 marca 1941 była żoną Stanisława Kawskiego, której rodzina podczas wojny schroniła się w Sanoku (pdf) s. 36.), a także inni zatrudnieni i współpracownicy apteki. Formalnie apteka została przejęta przez władze hitlerowskie, była nadzorowana przez Pharmazierat (Radę Farmacji) w Krakowie. Pomimo tego pracownicy apteki aktywnie działali w konspiracji, w tym wspomagali w leki żołnierzy oddziału partyzanckiego OP-23 Obwód „San” ZWZ–AK, a także ludność żydowską umieszczoną w sanockim getcie i Zwangsarbeitslager Zaslaw (pdf) s. 36, 75.. Ta działalność była prowadzona pomimo czterokrotnych rewizji w aptece przeprowadzonych przez Niemców, którzy nie zdołali wykryć ukrywanych medykamentów (były schowane w ruderze nieopodal apteki). Z apteką współpracował w konspiracji lekarz więzienny i oficer Jan Maria Suchomel. W końcowym okresie okupacji na przełomie 1943/1944 aptece Kawskich zmieniono nazwę na Kreisapotheke (Apteka Obwodowa), a dzięki zakwalifikowaniu jej do innego przedziału w niemieckiej administracji, otrzymywała od tego czasu większe zaopatrzenie w leki.