Okazał się też użyteczny w odnajdowaniu przełęczy w górach, a pewnego dnia napotkał grupę wojowników z plemienia Nez Percé, którzy dostarczyli informacji na temat rzek i strumieni, wzdłuż których ekspedycja mogła posuwać się dalej ku zachodowi. Po dotarciu do estuarium rzeki Kolumbia znalazł się w niewielkiej grupie wysłanej na wybrzeże Pacyfiku celem spenetrowania terenów położonych na północ od ujścia, w dzisiejszym stanie Waszyngton.
W roku 1806, po przebyciu tysięcy kilometrów, ekspedycja Lewisa i Clarka wróciła do wioski Mandanów w dzisiejszej Dakocie Północnej. Napotkano tam Foresta Hancocka i Josepha Dicksona, dwóch traperów, którzy mieli zamiar ruszyć w górę rzeki Missouri w poszukiwaniu futer. 13 sierpnia Lewis i Clark zwolonili Coltera, na jego własną prośbę, ze służby (dwa miesiące przed wygaśnięciem kontraktu), by mógł ruszyć z obu traperami jako przewodnik po okolicach, które już znał. Gdy wędrowcy dotarli do miejsca, gdzie zbiegają się rzeki Gallatin, Jefferson i Madison, czyli tam gdzie dziś znajduje się miasto Three Forks w stanie Montana, zdecydowali się, że ich drogi rozejdą się po około dwóch miesiącach.