Późniejsze losy W roku 1864, w czasie wojny secesyjnej, Johnston został powołany do służby w Armii Unii. W Saint Louis wstąpił, jako szeregowy, do Kompanii H 2 Regimentu Kawalerii. Był dwukrotnie ranny w bitwach pod Newtonią i Westport, za co w latach 1884–1899 wypłacano mu niewielką rentę. 23 września 1865 roku 2 Regiment został rozformowany, a Johnston odszedł do cywila, ale 10 lat później, w czasie wojny o Black Hills, zaciągnął się raz jeszcze.

W latach osiemdziesiątych XIX wieku był zastępcą szeryfa w Coulson (Montana), a następnie marshalem w Red Lodge (Montana), gdzie osiadł na stałe, coraz częściej narzekając na zdrowie (przede wszystkim reumatyzm), co jednak nie przeszkodziło mu w dokonaniu jeszcze jednego legendarnego wyczynu, jakim było pokonanie dwoma ciosami zawodowego pięściarza, który ośmielił się go wyzwać.

Jego ostatnim miejscem pobytu był szpital dla weteranów w Santa Monica w Kalifornii. Spędził tam zaledwie miesiąc i zmarł 21 stycznia 1900 roku. Pochowano go na cmentarzu wojskowym w Los Angeles.