Rozwijając opis II zasady termodynamiki, autor definiuje pojęcie entropii i stanu równowagi termodynamicznej, który – zgodnie z koncepcjami Boltzmanna i Gibbsa (statystyczna interpretacja entropii) – jest stanem o najmniejszym uporządkowaniu. Wprowadza też pojęcie „ujemnej entropii” (organizmy „sycą się ujemną entropią”, pobieraną z bardziej „uporządkowanego” otoczenia, zob. negentropia). To pojęcie wzbudziło kontrowersje, które skłoniły Schrödingera do dołączenia uwagi. Wyjaśnił w niej, że pojęcie wprowadził jako bardziej zrozumiałe od określeń specjalistycznych (uważał, że operowanie terminem energia swobodnaZob. m.in. stan termodynamiczny układu i funkcje stanu, termodynamika chemiczna, proces termodynamiczny, proces samorzutny. mogłoby prowadzić do nieporozumień – entropia nie jest rodzajem energii)Termodynamika procesów nieodwracalnych, w tym struktury dyssypatywne i samoorganizacja molekularna, były później przedmiotem badań, za które Nagrodę Nobla otrzymał w roku 1977 Ilya Prigogine (1917–2003), współtwórca teorii chaosu. Z problemem samoorganizacji wiąże się też mniej znana koncepcja chemotonu, której autor kładzie nacisk na bezpośredni związek życia z zamknięciem cykli reakcji, tj. cykl Calvina lub cykl Krebsa (Tibor Gánti, 1933–2009)..