Efekt Hilla-Robertsona – zjawisko obserwowane w genetyce populacyjnej, opisane po raz pierwszy przez Billa Hilla i Alana Robertsona w 1966Hill, W. G. & A. Robertson, 1966 The effect of linkage on limits to artificial selection. Genetical Research. 8: 269–294.. Dotyczy ono przewagi ewolucyjnej rekombinacji genetycznej.
W przypadku populacji o skończonej liczebności podlegającej selekcji naturalnej pojawią się losowe nierównowagi sprzężeń. Mogą je wywołać dryf genetyczny lub mutacje. Będą one działać w kierunku opóźnienia procesu ewolucjiHartl, D. L. & Clark, A. G. (2007). Principles of Population genetics, 4th ed. Sinauer Associates, Inc. Publishers, Sunderland, Massachusetts, USA.. Najłatwiej tłumaczy to rozważenie przypadku nierównowagi spowodowanej mutacją:
Należy rozważyć populację osobników, których genom składa się z dwóch zaledwie genów, a i b. Jeśli teraz u danego osobnika zajdzie mutacja i wytworzy się korzystny allel A, wtedy geny tego osobnika drogą doboru naturalnego będą z biegiem czasu stawały się częstsze w populacji. Jeśli jednak przed utrwaleniem się tej częstości pojawi się u osobnika nie posiadającego genu A również inna korzystna mutacja B genu b, wtedy osobniki posiadające B będą rywalizowały z posiadaczami A.