Skutki reform Reformy Echnatona miały również wymiar ekonomiczny. Zamknięcie świątyń i odebranie im majątków spowodowało upadek wypracowanego przez stulecia systemu gospodarczego. Były przyczyną wzrostu korupcji i obniżenia znaczenia lokalnej administracji, gdyż niszczenie dawnych struktur państwowych nie było połączone z budowaniem nowychJadwiga Lipińska, W cieniu piramid, Zakład Narodowy im. Ossolińskich – Wydawnictwo, Wrocław 2003, s. 149. W ostatnich latach Echnaton rządził wraz ze współregentem o imieniu Semenchkare. Faraon zaniedbał dyplomację i politykę zagraniczną kraju na rzecz rozwoju religii, co w schyłkowym okresie rządów przyczyniło się do sytuacji skłaniającej kraj ku kryzysowi.
Po śmierci Echnatona reforma religijna upadła, nastąpił powrót do wiary w starych bogów, świątynie Atona zostały zniszczone, a ślady po Echnatonie starano się wymazać. Faraon został pochowany w Achetaton (dzisiejsze Tell el-Amarna), po nim rządy objął na krótko Semenchkare, a po nim Tutanchamon (pierwotnie Tutanchaton) – syn i zięć Echnatona, mąż i przyrodni brat jego córki Anchesenpaaton, później Anchesenamon.