Pittet rozpoczął pracę jako ekspert w zakresie chorób zakaźnych, jednak zakres ten szybko uległ poszerzeniu, obejmując badania związane z epidemiologią szpitalną oraz zwalczaniem i profilaktyką zakażeń. W 1992 roku został mianowany dyrektorem Programu Zwalczania Zakażeń w Szpitalu Uniwersyteckim w Genewie, a w 2000 roku został mianowany profesorem medycyny na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Genewskiego. Didier Pittet jest ponadto profesorem wizytującym Division of Investigative Science i School of Medicine przy Imperial College w Londynie; profesorem honoris causa Pierwszej Akademii Medycznej Fu w Szanghaju; profesorem honorowym na Wydziale Zdrowia i Nauk Społecznych przy Politechnice w Hongkongu. Od 2002 roku jest także członkiem Komisji Planowania Międzydyscyplinarnej Konferencji na temat Czynników Przeciwdrobnoustrojowych oraz Chemioterapii (ICAAC). Od 2011 roku pełni funkcję współprzewodniczącego I Międzynarodowej Konferencji Profilaktyki i Zwalczania Zakażeń (ICPIC).