Polityka wobec Timbuktu Jeszcze w czasie gdy ibn Zarkun prowadził wojnę przeciwko Ishakowi II, mieszkańcy Timbuktu wznieśli bunt. Porządek w mieście przywrócił kaid Mami, który wkroczył do Timbuktu 27 grudnia 1591 roku na czele 324 arkebuzerów. Zjednał on sobie mieszkańców łagodnym potraktowaniem buntowników. Politykę tę z niejasnych powodów zmienił ben Zarkun. Jeszcze w czasie walk w Dendi w październiku 1592 roku, Mahmud rozkazał, aby publicznie i w brutalny sposób zabić dwóch potomków szarifa Ahmada as-Sakallego. Aby wpłynąć na politykę okupantów, kadi Umar wysłał do Marrakeszu list, w którym prosił sułtana o litość. Ahmad al-Mansur przyjął posłów kadiego życzliwie i obiecał zakończyć represję, w tajemnicy jednak wysłał wraz z nowymi posiłkami rozkaz aresztowania Umara i zdławienia wszelkiego oporu. Po powrocie z Dendi pasza Mahmud złupił koczownicze plemiona Sanhadża, jednak zdobycze okazały się niezadowalające. Aby zaspokoić oczekiwania sułtana, pasza postanowił ograbić mieszkańców Timbuktu. Wykorzystał w tym celu podstęp – ogłosił, że domy mieszkańców zostaną przeszukane, a wszelka znaleziona broń zostanie zarekwirowana. Zarządzenie miało nie dotyczyć jedynie potomków kadiego Mohammeda Akita, co spowodowało, iż mieszkańcy ukryli większość swoich kosztowności w budynkach należących do krewnych kadiego.