230px|thumb|left|Zdjęcie lotnicze US Naval Base Subic Bay (P) i Naval Air Station Cubi Point (L) (1990) W 1899 roku, podczas wojny filipińsko-amerykańskiej, Amerykanie zajęli hiszpańską bazę i mieli zatokę w posiadaniu do roku 1991. W tym okresie baza została znacznie rozbudowana i poszerzona, a obok w początkach lat pięćdziesiątych XX wieku powstało lotnisko wojskowe (Naval Air Station Cubi Point). Lotnisko zbudowano ścinając wierzchołek wzgórza, a ziemię wykorzystano do zasypania fragmentu zatoki i przedłużenia pasa startowego. W roku 1979 tereny wokół zatoki przeszły na własność rządu Filipin, a teren bazy amerykańskiej, która zajmowała 24 000 ha, został zmniejszony do 6300 ha.
Po zniszczeniach spowodowanych w roku 1991 wybuchem wulkanu Pinatubo, Amerykanie zamknęli bazę, a obszar został przekształcony w Subic Bay Freeport Zone. Zniszczenia spowodowane erupcją były ogromne. Naoczni świadkowie twierdzili, że rzeki przypominały płynący cement, a w głębi wód zatoki masowo obumierały koralowce.