Komórką organizacyjną Centrum kieruje Kierownik – w zakładach i samodzielnej sekcji Komendant – w pododdziałach szkolnych Naczelnik – w wydziałach. Wymienione osoby są przełożonymi podległych im funkcjonariuszy i pracowników.
Działalność Referatu Nadzoru i Kontroli koordynuje starszy specjalista – koordynator Referatu Kontroli.
W skład Centrum wchodzą Komórki organizacyjne, o których mowa poniżej, oraz Zespół Stanowisk Samodzielnych i Referat Kontroli Komórkami organizacyjnymi Centrum są: Zakład Organizacji Dydaktyki Zakład Graniczny Zakład Prawa i Administracji Zakład Wychowania Fizycznego i Działań Specjalnych Zakład Zabezpieczenia Technicznego Granicy Zakład Humanistyczny Zakład Kryminalistyki Pododdziały Szkolne Wydział Kadr Wydział Prezydialny Wydział Zabezpieczenia Szkolenia Samodzielna Sekcja Ochrony Informacji.
W skład Zespołu Stanowisk Samodzielnych wchodzą Radca prawny Kapelan (katolicki, greckokatolicki, ewangelicki i prawosławny) Starszy specjalista do spraw obronnych i zarządzania kryzysowego Specjalista do spraw przeciwpożarowych Specjalista do spraw bezpieczeństwa i higieny pracy.