Po wojnie zaangażował się w odbudowywanie struktur Uniwersytetu Warszawskiego. Zatrudniony został w Katedrze Historii Prawa na Zachodzie Europy. W tym czasie przygotował rozprawę habilitacyjną dotyczącą Jacques’a-Béninge Bossueta. Mimo skierowania pracy do druku, w 1949 praca została zwrócona przez Ministerstwo Szkół Wyższych i Nauk z adnotacją o odmowie publikacji. W tym samym czasie C. Kunderewicza pozbawiono zatrudnienia na Wydziale Prawa.
Wkrótce naukową opiekę nad C. Kunderewiczem roztoczył Rafał Taubenschlag. W 1954 zatrudnił go w Katedrze Prawa Antycznego UW. W roku 1958 C. Kunderewicz przedstawił nową rozprawę habilitacyjną. Ta uznana jednak została za pracę doktorską. Mimo niesprzyjających okoliczności, w roku 1960 przedstawił nową rozprawę poświęconą działalności urzędników w starożytnym Egipcie, na podstawie której uzyskał stopień docenta.