Markleeville posiada ciepłe lata z okazjonalnymi opadami, przytrafiającymi się głównie podczas popołudniowych i wieczornych burz. Nocą temperatura spada znacznie poniżej 10 °C. Zimy są dość zimne i często śnieżyste. Średnia temperatura w styczniu wynosi maksymalnie 7.6 °C, natomiast minimalna temperatura to -8.1 °C. Średnia temperatura w lipcu wynosi maksymalnie 29.2 °C, natomiast minimalnie 6.2 °C. Średnio 15.7 dni w roku panuje temperatura 32 °C lub wyższa, natomiast średnio 221.7 dni w roku temperatura spada poniżej 0 °C. Rekordowa wysoka temperatura została zanotowana 11 lipca 1931 roku i wynosiła 39 °C, natomiast rekordowa najniższa temperatura, zanotowana 22 grudnia 1990 roku, wynosiła -32 °C.
Średnia roczna suma opadów wynosi 487,2 mm. Średnia roczna liczba dni z opadami wynosi 59 dni. Największą liczbę opadów zanotowano w 1996 roku, kiedy spadło 974.1 mm. Najbardziej suchy był 1917 rok, kiedy roczna suma opadów wynosiła 298.2 mm. Najbardziej mokrym miesiącem był styczeń 1914 roku, kiedy spadło 409.7 mm opadów. Najwięcej opadów w ciągu doby spadło 3 grudnia 1950 roku - 119.9 mm.