Jest dyrektorem warszawskiego Samodzielnego Publicznego Klinicznego Szpitala Okulistycznego. Po odejściu swojego ojca, Jerzego Szaflika, na emeryturę, wygrał konkurs na funkcję kierownika i ordynatora Katedry i Kliniki Okulistyki II Wydziału Lekarskiego WUM. Odbył szereg kursów i staży zagranicznych m.in. w Portland, Cincinnati (USA) i niemieckim Erlangen. W 2013 roku został mu nadany tytuł naukowy profesora nauk medycznych (jest najmłodszym profesorem okulistyki w Polsce i profesorem zwyczajnym Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego)Postanowienie Prezydenta RP z dnia 17 stycznia 2013 roku nr 115-1-2013 w sprawie nadania tytułu profesora ().
Podczas Walnego Zgromadzenia Delegatów Polskiego Towarzystwa Okulistycznego (PTO) 16 czerwca 2016 r. (w trakcie XLVII Zjazdu Okulistów Polskich we Wrocławiu), został wybrany na stanowisko prezesa–elekta PTO, a 6 czerwca 2019 objął stanowisko prezesa Polskiego Towarzystwa Okulistycznego.
W latach 2012–2019 pełnił funkcję redaktora naczelnego czasopisma „Klinika Oczna". Jest także recenzentem prac w czasopismach zagranicznych, m.in.