W Polsce Ludowej W 1946 na własne życzenie przestał pełnić funkcję wiceministra zdrowia, a także opuścił stanowisko kierownika Katedry. Związane to było z powołaniem na profesora zwyczajnego mikrobiologii na powstającym Wydziale Lekarskim gdańskiej Akademii Lekarskiej oraz objęciem stanowiska dyrektora Państwowego Instytutu Medycyny Morskiej i Tropikalnej, który miał zorganizować. Równocześnie był kierownikiem Zakładu Bakteriologii i Epidemiologii oraz działającą w jego strukturze Pracownią Wirusologii. Przez rok prowadził Zakład Biologii i Parazytologii, a następnie przekazał jej kierowanie prof. Fryderykowi Pautschowi. Jerzy Morzycki początkowo wykładał nauki biologiczne, ale rok później rozpoczął prowadzenie wykładów z mikrobiologii dla studentów II roku Wydziału Farmaceutycznego, III roku Wydziału Lekarskiego oraz słuchaczy z Oddziału Stomatologicznego. Od 1948 coraz więcej czasu poświęcał pracy naukowej, od 1947 do 1951 redagował „Przegląd Epidemiologiczny”, a od 1948 do 1954 „Biuletyn Państwowego Instytutu Medycyny Morskiej i Tropikalnej”.