Po scaleniu ZJ z rozłamowcami z NOW znalazł się w nowo utworzonych Narodowych Siłach Zbrojnych. 1 stycznia 1944 r. oddział AS IZZ rozkazem KG NSZ został przekształcony w Batalion Osłony Kwatery Głównej. Jego liczebność wahała się od 140 do 170 ludzi, a składał się z trzech kompanii, plutonu zmotoryzowanego (2 ciężarówki) i sekcji łączniczek. W I poł. 1944 r. Batalion poniósł duże straty w wyniku licznych aresztowań przez Gestapo. Wiosną tego roku – w okresie rozłamu w NSZ na tle scalenia z AK i rywalizacji obu komend NSZ – żołnierze Batalionu wraz z dowódcą uczestniczyli aktywnie w tym konflikcie, a kpt. NSZ M. Dukalski opowiedział się za mjr./płk. NSZ Stanisławem Nakoniecznikoff-Klukowskim ps. „Kmicic”. 15 czerwca, na jego rozkaz, kpt. NSZ M. Dukalski z kilku swoimi żołnierzami porwał z ulicy w centrum Warszawy ppłk. Albina Raka, b. zastępcę szefa sztabu KG NSZ i p.o. komendanta głównego NSZ (AK).

Krótko potem, 23 lipca 1944 r., „Zapora” został aresztowany przez Gestapo, gdy jechał tramwajem na akcję bojową. Trafił do więzienia przy al. Szucha. W trakcie przesłuchań Niemcy proponowali mu współpracę.