RZI w Szczecinie ma następującą strukturę organizacyjną: szef zarządu zastępca szefa zarządu wydział organizacyjny wydział budownictwa wydział eksploatacji nieruchomości wydział nieruchomości i zakwaterowania wojsk wydział gospodarki sprzętem infrastruktury pion ochrony informacji niejawnych pion głównego księgowego wydział infrastruktury sekcja zamówień publicznych sekcja ochrony środowiska sekcja kontroli audytor wewnętrzny inspektor bezpieczeństwa i higieny pracy
Zadania Rejonowy zarząd infrastruktury realizuje zadania w zakresie infrastruktury ogólnowojskowej, szkoleniowej i specjalnej w obrębie: działalności inwestorskiej gospodarowania nieruchomościami będącymi w trwałym zarządzie Ministra Obrony Narodowej oraz wykorzystywanymi na innych podstawach prawnych utrzymania i eksploatacji nieruchomości gospodarki sprzętem technicznym, kwaterunkowym, pożarniczym i środkami gaśniczymi działalności warsztatowo-usługowej. Do zakresu działań RZI należy m.in.: sprawowanie specjalistycznego nadzoru nad terenowymi organami infrastruktury przygotowanie dokumentacyjne dla zadań remontowo-inwestycyjnych z zachowaniem procedur stosowanych w resorcie obrony narodowej i procedur przetargowych przygotowywanie, organizowanie i nadzór procesu inwestycyjnego przy budowie, modernizacji i remoncie obiektów przeznaczonych