Magistrala w latach świetności miała połączenia z siecią PKP, w tym na posterunku Trętowiec a obecnie jedynym połączeniem jest na stacji Jęzor Centralny poprzez łącznicę Sosnowiec Jęzor – Jęzor Centralny. W latach funkcjonowania KP Szczakowa sieć Magistrali Północnej oraz Magistrali Południowej piasek podsadzkowy z piaskowni Ciężkowice i Bukowno był dostarczany między innymi na mosty podsadzkowe Agata KWK Wieczorek, Wentylacyjny KWK Wujek, Witczak KWK Bobrek Centrum. alt=|mały|Przystanek Szczakowa Most na szlaku Szczakowa Północ - Szczakowa Południe
Po 2001 roku Ciągłe zmniejszające się zapotrzebowanie na piasek podsadzkowy spowodował likwidację poszczególnych odgałęzień. W latach 2009/2010 zlikwidowano odcinek Ciężkowice - Trętowiec, w związku z zamknięciem ZG Trzebionka. Likwidacja sieci trakcyjnej wraz z demontażem drugiego toru i likwidacją SBL nastąpiła na przełomie 2012/2013, w związku z przegraną DB Schenker Rail Polska obsługi szybu podsadzkowego Witczak KWK Bobrek Centrum oraz Kopalnia Węgla Kamiennego Piekary na rzecz PKP Cargo Service i likwidacji części szlaków Magistrali Północnej na odcinku JCA – Siemianowice.