Zmiany organizacyjne Wobec rosnącego zapotrzebowania na pracowników budowlanych i coraz ambitniejszymi planami konstrukcyjnymi na polu walki i jego zapleczu, w czasie II wojny światowej gwałtownie zwiększała się ilość batalionów seabees. Gdy zaczęło dochodzić do sytuacji, w których na jednym terenie działało kilka batalionów, zaistniała konieczność utworzenia jednostek i dowództw wyższego szczebla celem lepszej koordynacji, planowania i kierowania pracami. W ten sposób, w grudniu 1942 roku powstały jednostki w sile pułków o nazwie Naval Construction Regiment (NCR).
W kwietniu 1943 roku, w celu skoordynowania działań regimentów, zorganizowano Naval Construction Brigades (NCB). Brygada stanowiła najwyższy szczebel dowódczo-organizacyjny NCF aż do początków XXI wieku. W tym czasie dwiema ostatnimi brygadami były Second Naval Construction Brigade (2 NCB) i Third Naval Construction Brigade (3 NCB). 2 NCB podlegała Flocie Atlantyckiej, a 3 NCB Flocie Pacyfiku US Navy. Obie brygady zostały rozwiązane w sierpniu 2002 roku.