W przeciwieństwie do odnotowywanych u innych abelizurydów bardzo krótkich zębów zęby karnotaura były długie i smukłe. Po każdej stronie szczęki znajdowały się 4 zęby przedszczękowe i 12 zębów szczękowych, a po każdej stronie żuchwy karnotaur miał po 15 zębów zębowych. Płytka, lekko zbudowana żuchwa kontrastowała z potężnie wyglądającą czaszką. Kość zębowa łączyła się z tylnymi kośćmi żuchwy tylko w dwóch punktach. Żuchwę znaleziono wraz z kośćmi gnykowymi, w ułożeniu, w jakim znajdowały się one za życia zwierzęcia. Te smukłe kości, wspierające mięśnie języka i kilka innych mięśni, u dinozaurów nie łączą się z innymi kośćmi. Z tego powodu mogą oddzielić się od reszty badanego fragmentu szkieletu i w efekcie zostać pominięte lub nie zauważone przez badaczy.Jego czaszka ukazuje się być kinetyczna.
Kręgi mały|lewo|6. kręg ogonowy holotypu A) z boku B) z przodu i C) z góry. Strzałkami zaznaczono wysoce zmodyfikowne żebra ogonowe Kręgosłup składał się z 10 kręgów szyjnych, 12 grzbietowych, 6 zrośniętych krzyżowych i nieznanej liczby kręgów ogonowych. Szyja była prawie prosta i nie zawijała się esowato, jak u innych teropodów. Wyróżniała się też niezwykłą szerokością, zwłaszcza u podstawy.