W czasie okupacji Guzik współpracował z ruchem oporu. W 1944 roku Niemcy zdobyli pewną liczbę nazwisk partyzantów, wśród których znajdowało się jego nazwisko. Nocą z 18 na 19 listopada 1944 roku gestapo dokonało rewizji parafii i znalazło ślady pobytu żołnierzy podziemia. Wtedy, nie wiadomo dlaczego, nie aresztowano księdza. Proszony przez parafian, by uciekał, nie uczynił tego. Rano przyjechała nowa grupa funkcjonariuszy gestapo z Konopisk, wówczas podjął ucieczkę, w czasie której złamał nogę i został schwytany. Przez 40 dni pobytu w więzieniu w Blachowni nie udzielono księdzu pomocy lekarskiej, torturowany nie złożył zeznań o miejscowych partyzantach. W ciężkim stanie, z infekcją złamanej nogi, został przewieziony do obozu Gross-Rosen, a stamtąd w początkach lutego 1945 roku do obozu Dora-Nordhausen.
Ks. Jan Rzymełko, jako towarzysz niewoli, był w ostatnich chwilach życia z ks. Stanisławem Guzikiem. Dzięki niemu wiadomo, jak wyglądały te ostatnie godziny życia księdza: "Otóż ks. Stanisława Guzika, po okropnym transporcie z Gross-Rosen wśród huku armat rosyjskich (8-12 lutego 1945 roku) spotkałem dopiero w obozie Dora-Nordhausen w baraku 31. Był już w stanie godnym pożałowania.