U kresu I wojny światowej w listopadzie 1918 uczestniczył w obronie miasta podczas wojny polsko-ukraińskiej. Następnie został urzędnikiem Tymczasowego Komitetu Rządzącego we Lwowie, a od 1919 do 1922 starostwa powiatu lwowskiego. W 1920 został komisarzem okręgowym. Jako ochotnik brał udział w wojnie polsko-bolszewickiej w 1920.
W okresie II Rzeczypospolitej od 1920 on i jego stryjeczny brat Adam Baczewski (ur. 1895, syn Henryka, brata Leopolda) kierowali rodzinną firmą J.A. Baczewski (nazwa od Józef Adam Baczewski; pełna: „Fabryka wódek, likierów i rossolisów J.A. Baczewski”), którą w przeszłości tworzył także ich dziadek Józef (1829–1911). Stefan Baczewski od 1922 był współwłaścicielem i naczelnym dyrektorem firmy. Dokonał rozbudowy fabryki i jej infrastruktury. Firma prowadziła zakrojoną na dużą skalę akcję reklamową, m.in. w latach 20. na terenie Targów Wschodnich we Lwowie została wzniesiona „wieża Baczewskiego” zaprojektowana w kształcie karafki (architektem był Erwin Wieczorek). W latach 30. firma Baczewskiego dostarczała swoje wyroby alkoholowe do statków pasażerskich SS Polonia i MS Piłsudski, a jej produkty były zbywane na eksport do stolic krajów Europy Zachodniej, w tym Paryża, Pragi i Wiednia. Do 1925 wraz z Mikołaj Krasuckim był zawiadowcą firmy Józef Słoński i Ska spółka z o.o.