W 2019 Międzynarodowe Centrum Kultury opublikowało jego książkę „W stronę Xenopolis”, za którą Krzysztof Czyżewski został uhonorowany nagrodą Ambasadora Nowej Europy za 2019 rok, przyznawaną przez Europejskie Centrum Solidarności. W 2025 ukazał się jego tom poezji Tykot.
Nagrody i wyróżnienia nagroda Fundacji POLCUL (Melbourne, 1992); nagroda Nagroda Artystyczna Młodych im. Stanisława Wyspiańskiego (Warszawa, 1992); nagroda paryskiej „Kultury” za rok 1996; nagroda im. Gabora Bethlena dla człowieka Europy Środkowej (Budapeszt, 1998); nagroda „Małego Berła Kultury Polskiej” uhonorowana przez Jerzego Giedroycia (1999); medal św. Jerzego przyznanego przez „Tygodnik Powszechny” (Kraków, 2000); Dyplom Ministra Spraw Zagranicznych za wybitne zasługi dla promocji Polski w świecie z rąk ministra Władysława Bartoszewskiego (Warszawa, 2000); Krzyż Kawalerski Orderu Wielkiego Księcia Giedymina (Litwa, 2001); dyplom za zasługi dla ochrony dziedzictwa kultury żydowskiej w Polsce otrzymany z rąk Ambasadora Izraela, Szewacha Weissa (Kraków 2001); medal „Zasłużony dla tolerancji” przyznawanego przez Fundację Ekumeniczną „Tolerancja” (Warszawa, 2003); nagroda im.