Uwolniony powrócił do Krakowa gdzie działał początkowo w Krakowskim Komitecie Pomocy, a następnie pracował w Krakowskim Banku Emisyjnym w latach 1942–1944 uczestnicząc w tajnym nauczaniuKrótki biogram na stronie Archiwum ofiar terroru nazistowskiego i komunistycznego w Krakowie 1939–1956.. W 1946 został docentem etatowym UJ, jeszcze w tym samym roku profesorem tytularnym, w 1948 profesorem nadzwyczajnym. Wraz z przejściem na emeryturę w 1947 Władysława Semkowicza, otrzymał po nim, w drodze ogólnopolskiej ankiety, Katedrę Nauk Pomocniczych Historii na Uniwersytecie Jagiellońskim. W tym samym roku został wybrany na członka korespondenta Polskiej Akademii Umiejętności. Następnie pełnił funkcję kierownika Katedry Archiwistyki i Nauk Pomocniczych Historii do 1968 roku. Tytuł profesora zwyczajnego uzyskał w 1957 roku. Mianowany w 1960 roku dyrektorem Instytutu Historycznego, pełnił tę funkcję nieprzerwanie przez siedem lat. Równolegle pracował od 1961 jako dziekan Wydziału Filozoficzno-Historycznego i w 1965 prorektor UJ. Udzielał się również w Bibliotece PAN w Krakowie.