Dzięki temu remontowi kościół uzyskał swój obecny kształt. Jesienią 2002 rozpoczęto drugi etap projektu, który polegał na usunięciu zbędnych elementów dodanych w XIX wieku i przywróceniu świątyni dawnego charakteru i kształtu w oparciu o badania architektoniczne i archeologiczne. Jednocześnie prowadzono trzeci etap, czyli odbudowę kościoła, którą realizowano pod patronatem oddziału Departamentu Rekonstrukcji Ministerstwa Kultury Azerbejdżanu w Şəki. Ostatnim, czwartym etapem, była konwersja kościoła w muzeum prezentujące historię chrześcijańskiej Albanii Kaukaskiej.
Wierzenia związane ze świątynią Mimo iż Kościół Albanii Kaukaskiej przestał funkcjonować wieki temu, po dziś dzień przybywają tu chrześcijanie aby modlić się do Boga, a potem - wypowiedziawszy życzenie, przykładają do muru ołtarzowego monetę. Od wieków istnieje wierzenie, że jeśli uczyni to człowiek o czystym i szlachetnym sercu, moneta przylgnie do ściany niczym magnes. Obok tej ściany znajduje się ołtarz, zbudowany z tego samego kamienia, z którego wzniesiono cały kościół. Na samym środku ołtarza pogrzebany jest totem starożytnych Albanów - górski kozioł, którego uważano za święte zwierzę.