Sam kościół doznał strat podczas tej wojny, gdy w Boże Narodzenie 1626 roku został zbezczeszczony i uszkodzony przez żołnierzy Mansfelda. Dokończenie budowy wieży rozpoczęło się w październiku 1650. Ważnym wydarzeniem dla kościoła i całego miasta był dzień 12 kwietnia 1688. Tego dnia wybuch wielki pożar, który w ciągu kilku godzin spalił całe wewnętrzne miasto razem z zamkiem, szkołą parafialną, farą oraz samym kościołem. Zwłaszcza wieża była bardzo zniszczona – znajdujący się na niej dzwon z 1636 roku spadł z wielkim hukiem, a żar ognia całkowicie go roztopił. Ze względu na to, że dobytek parafian także mocno ucierpiał podczas tego pożaru, proboszcz Jindřich Samuel Wolf potrzebował 12 lat, aby zebrać pieniądze na odbudowę kościoła. Wybudowano wówczas także nową plebanię. Gdy proboszczem został Václav Tadeáš Faldina (1707–1731) w kościele zbudowano nowy ołtarz główny. Do reform józefińskich, kościół parafialny otaczał cmentarz ogrodzony kamiennym murem z pięcioma wnękami z kaplicami. Najbardziej zasłużone dla parafii osoby chowano jednak wewnątrz kościoła. Kolejny pożar z 11 kwietnia 1848 doprowadził do spalenia się kopuły wieży, którą potem zastąpiono równym dachem. Po tym pożarze w kościele ulokowano nowe dzwony, które 28 kwietnia 1850 poświęcił ołomuniecki biskup pomocniczy.