Na początku XX wieku budynek kościoła w Wojakowej był w złym stanie i coraz częściej pojawiały się plany budowy nowego. W roku 1930 rozebrano większą część kościoła, pozostawiając tylko prezbiterium, do którego w następnych latach dobudowano korpus. Z dawnego wyposażenia pozostawiono jedynie kamienną chrzcielnicę oraz barokowy ołtarz z łaskami słynącym obrazem Matki Bożej z Dzieciątkiem. Pod koniec siedemnastego wieku kościoła w Wojakowej używali Bracia polscy.
Początkowo parafia w Wojakowej należała do archidiakonatu diecezji krakowskiej. W roku 1751 wraz z dekanatem lipnickim została włączona do archidiakonatu wojnickiego. W 1784 roku, po zlikwidowaniu dekanatu lipnickiego parafia została włączona do dekanatu brzeskiego. Pierwszy rozbiór Polski w 1772 roku podzielił również diecezję krakowską. Część diecezji, w której znalazła się parafia w Wojakowej, znalazła się w zaborze austriackim. Z galicyjskiej części diecezji krakowskiej papież Pius VI w roku 1786 powołał do życia diecezję tarnowską do której należała również parafia w Wojakowej. Po trzecim rozbiorze Polski na pewien czas diecezja tarnowska przestała istnieć a parafia Wojakowa znowu przynależała do diecezji krakowskiej. Trwało to do 1821 roku, kiedy to utworzono przejściowo diecezję, której siedzibą było opactwo benedyktyńskie w Tyńcu.