Ponieważ przed II wojną światową i zaraz po wojnie w Pustyni rozwijał się przemysł metalowy, zaczęło przybywać coraz więcej ludzi z okolicznych miejscowości, którzy na miejscu zaczęli się osiedlać. Z tego powodu zaistniała potrzeba posługi duszpasterskiej w kościele w Pustyni. By zaradzić tym potrzebom w 1958 r. biskup tarnowski Jan Stepa tworzy w Pustyni rektorat przynależny do parafii św. Jadwigi w Dębicy. Duszpasterzem tej placówki zostaje ks. Ludwik Motyka, a po pół roku zastępuje go ks. Antoni Przeklasa. 6 grudnia 1980 bp Jerzy Ablewicz tworzy w Pustyni parafię. Jej pierwszym proboszczem zostaje ks. Przeklasa, który buduje plebanię i planuje budowę nowego kościoła, jednocześnie gromadząc na ten cel potrzebne materiały.
Jego marzenie o budowie kościoła zrealizował następca ks. Józef Leśniowski – proboszcz parafii Pustynia w latach 1983–1991. Kościół parafialny wybudowano w latach 1984–1986 według projektu Olgierda Wójcika i Józefa Argasińskiego. Kamień węgielny poświęcił i wmurował bp Jerzy Ablewicz 24 czerwca 1984 r. Budowę zwieńczono poświęceniem kościoła 30 marca 1986 r. przez bpa Piotra Bednarczyka, a konsekracja odbyła się 19 października 1986 r. również pod jego przewodnictwem.