W październiku 2013 roku wyszły na jaw niektóre fakty z biografii arcybiskupa Piotra (Charosa), jego zaangażowanie w medycynę alternatywną, uzdrawianie itp. W konsekwencji 17 października Synod usunął go ze stanowiska przewodniczącego i zabronił mu służby. Arcybiskup Piotr decyzji nie przyjął i kontynuował służbę. Razem z nim pozostał biskup Joann z Brazylii. W 2014 roku zebrany Synod Kościoła potwierdził zwierzchnictwo metropolity Piotra, a odpowiedzialny za bunt biskup Prokop został usunięty ze wspólnoty Kościoła.
Struktura Przywódcy Kościoła noszą tytuł egzarchy, a od 1983 roku − priedstojatiela. Byli nimi: Christofor (Kontageorgeos) (1933-1950), biskup Pontikopiejski Dionizy (Makrogambrakis) (11 stycznia 1983 − 28 grudnia 2005) Piotr (Charos) (maj 2006 − 17 października 2013 i od 2014)
Episkopat Piotr (Charos), biskup Filadelfii (17 maja 2000 − maj 2006) Joann (Eloj Mendes Netto), biskup Katariny (Brazylia) i egzarcha Ameryki Łacińskiej (od 17 października 2013) Emmanuił (Silva), biskup Montrealu i egzarcha Kanady (od lat 90.) Meletij (Jannakopulos), metropolita Achai i