Akademia prowadziła nauczanie w systemie studiów, dziennych wieczorowych i zaocznych.
Na mocy zarządzenia Ministra Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki z 1975 w sprawie struktury organizacyjnej Akademii Techniczno-Rolniczej w Bydgoszczy, uczelnia przeszła na strukturę instytutową zamiast wydziałowejZarządzenie nr 6 Ministra Edukacji Narodowej z dnia 11 maja 1995 r. w sprawie zmian organizacyjnych w Akademii Techniczno-Rolniczej im. Jana i Jędrzeja Śniadeckich w Bydgoszczy. Dz.Urz.MEN.1995.4.13. Instytut wprowadzano dlatego, ponieważ prowadzono dydaktykę i badania wykraczające poza ramy jednej kategorii dydaktycznej agrotechnika (dodatkowo zootechnika)Ustawa z dnia 20 grudnia 1968 r. o zmianie ustawy o szkolnictwie wyższym. . Tak więc Instytut spełniał funkcję wydziału, w skład którego wchodziły jednostki organizacyjne o charakterze dydaktyczno-naukowym.
W pierwszych latach istnienia ATR strukturę organizacyjną Instytutu Rolniczego stanowiły następujące zakłady50 lat Akademii Techniczno-Rolniczej im.