Wcześniej powstała fara chełmżyńska.
Pierwsze dziesięciolecia istnienia miasta przebiegały pod znakiem najazdów pruskich, mających miejsce w roku 1268 i 1277. W 1286 r. miasto i katedra zostały zniszczone przez Prusów.
Po zniszczeniach w wyniku najazdów pruskich i litewskich katedra została odbudowana, a prace przy niej trwały do około 1359 roku. W tym czasie korpus przyjął formę hali z masywem zachodnim, w którym – podobnie jak w Chełmnie – zrealizowano tylko jedną wieżę od północy, nadając jej wyjątkowo monumentalną formęMroczko Teresa, Arszyński Marian, Architektura gotycka w Polsce, tom II, W-wa 1995, Inst. Sztuki PAN, s.98.
Po przegranej przez wojska zakonu krzyżackiego bitwie pod Grunwaldem biskup chełmiński Arnold Stapil złożył w Chełmży hołd królowi Władysławowi Jagielle. W wyniku I pokoju toruńskiego Chełmża wróciła jednak ponownie pod panowanie krzyżackie. W 1422 wojska polskie ponownie zdobyły Chełmżę, powodując w mieście znaczne zniszczenia. W 1440 miasto stało się członkiem Związku Pruskiego. W wyniku II pokoju toruńskiego kończącego wojnę trzynastoletnią Chełmża, jak i cała ziemia chełmińska przeszła pod panowanie polskie, stając się częścią tzw. polskich Prus Królewskich. Odbudowa ze zniszczeń wojennych przebiegała powoli, głównie dzięki działaniom kapituły.