W latach 1807–1815 Chełmża znalazła się w granicach Księstwa Warszawskiego. Jednak już w 1815 roku, wskutek postanowień kongresu wiedeńskiego, miasto ponownie dostało się pod zabór pruski, czyli pod panowanie Królestwa Prus. W 1824 stolica diecezji chełmińskiej została przeniesiona z Chełmży do Pelplina. W 1866 powstało Towarzystwo Rolniczo-Przemysłowe. W 1871 r. Chełmża, wraz z Królestwem Prus, stała się częścią Cesarstwo Niemieckiego. W 1879 powołano sąd rejonowy w Chełmży. W tym czasie powstały również 2 banki i kolejna szkoła. W 1882 rozpoczęto budowę wielkiej cukrowni (największej w ówczesnej Europie)Słownik Geograficzno-Krajoznawczy Polski, Wyd. II, PWN Warszawa 1994, czemu towarzyszyła budowa węzła kolejowego, w którym zbiegły się linie z Torunia, Malborka, Bydgoszczy i Kowalewa Pomorskiego.