Karol Linneusz w publikacji „Species Plantarum” (1753) opisał gatunek pod nazwą Solanum lycopersicum zaliczając pomidora do rodzaju psianka, co współcześnie uznawane jest za rozwiązanie poprawne.
Pierwsze zachowane nazwy zwyczajowe pomidora w językach europejskich pojawiają się w podpisie rysunku z roku 1553 w pracy Remberta Dodoensa, który podpisał rycinę z tym gatunkiem określeniem Poma amoris (=jabłka miłości). Późniejsi autorzy używali także odmiennych wariantów nazw, takich jak Poma aurea (=złote jabłka) i Pomi del Peru (=jabłka z Peru). Nazwa zwyczajowa utrwalona w języku włoskim „pomi d’oro” (dosłownie tłumaczona na „złote jabłka”) stała się źródłem dla określenia używanego w języku polskim. W starszych publikacjach w języku polskim używane były jednak określenia „jabłko miłości” (u Syreniusza) i „jabłko złote” (słownik języka polskiego z 1861 r.). Nazwa „pomidor” rozpowszechniła się w piśmiennictwie dopiero w XIX wieku (wówczas też czasem w formie plurale tantum jako „pomidory”). Gatunek określany był początkowo nazwą „pomidor”, także w pracach botanicznych. Jednowyrazowe określenie gatunku jest często nadal spotykane, zwłaszcza w literaturze z zakresu warzywnictwa.