Jakość wody Río Petrohué jest dotychczas na całym jej biegu znakomita, ze względu na brak czynników zanieczyszczających. Jednak duży rozwój turystyki, wędkarstwa i sportów wodnych, przede wszystkim w okolicy wodospadów, może, bez odpowiednich środków zaradczych, prowadzić do jej pogorszenia.
Górny i środkowy bieg rzeki leży w granicach najstarszego chilijskiego parku narodowego Vicente Pérez Rosales. Cały bieg rzeki leży w zasięgu formacji roślinnej zwanej waldiwijskim lasem deszczowym, którego gęsta, wiecznozielona wegetacja jest charakterystyczna dla jej brzegów.
Klimat thumb|left|Wąskie wąwozy i wysokie, gęsto porośnięte brzegi charakteryzują górny bieg rzeki Panuje tu klimat umiarkowany chłodny. Obszar leży w strefie dryfu wiatrów zachodnich, której klimat charakteryzuje się częstymi i silnymi wiatrami zachodnimi, umiarkowanie chłodnymi zimami, umiarkowanie ciepłymi latami oraz roczną ilością opadów ok. 3000 mm/m². W lato temperatury wzrastają powyżej 20 °C, natomiast zimą spadają do 5-7 °C. Mroźne dni są rzadkie, dni z opadami śniegu jest niewiele, a pokrywa śnieżna nie utrzymuje się długo. Ponieważ w rzece płynie przede wszystkim woda z jeziora Todos los Santos i woda pochodząca z topnienia z okolicznych gór, ogrzewa się nie wyżej niż do 15 °C, a w sierpniu, z przeciętnymi 8 °C, jest najzimniejsza.