Dolny bieg i obszar ujścia były i nadal są bogatsze gatunkowo dzięki wpływowi oceanu.
Dzisiaj przeważają w systemie rzecznym i jeziorowym obce gatunki jak: pstrąg potokowy, pstrąg tęczowy, łosoś szlachetny, kiżucz i czawycza. Pierwotnie północnopacyficzna czawycza rozwinęła tutaj stałe populacje i nowe zwyczaje wędrowne, od kiedy prawdopodobnie w latach 80. XX wieku uciekły z farm hodowlanych lub też zostały wypuszczoneDoris Soto et al.: Establishment of Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha). in Pacific basins of southern South America and its potential ecosystem implications. In: Revista Chilena de Historia Natural 80: 81-98, 2007. pdf span/engl.. Pstrąg tęczowy i potokowy są dziś najczęściej spotykanymi rybami w systemie rzecznym Petrohué i w większości chilijskich rzek. Tworzą więcej niż 80% biomasy ryb i wypierają w coraz większym stopniu pierwotną faunę rybnąDoris Soto et al: Southern Chile, trout and salmon country: invasion patterns and threats for native species In: Revista Chilena de Historia Natural 79: 97-117, 2006 pdf span./engl..