II wojna światowa Po włączeniu części Macedonii do Bułgarii w 1941 otrzymał od władz bułgarskich propozycję współpracy, ale jej nie przyjął. Nadal prowadził sklep w Prilepie, współpracując z partyzantką socjalistyczną. Następnie, zagrożony aresztowaniem, dołączył do oddziałów partyzanckich. Współpracę z komunistami podjął, gdyż widział w nich jedyną siłę polityczną, która mogłaby doprowadzić do powstania niepodległej Macedonii, wolnej od okupacji niemieckiej i włoskiej, jak również od dominacji bułgarskiej i serbskiej. Razem z Wenko Markowskim, Strachiłem Grigowem, Borkiem Temelkowskim, Michajło Apostolskim oraz Cwetkiem Uzunowskim wszedł do Komitetu Inicjatywnego przygotowującego utworzenie ciała ustawodawczego przyszłej socjalistycznej Macedonii – Antyfaszystowskiej Rady Wyzwolenia Narodowego Macedonii (ASNOM). Następnie został wybrany na jednego z trzech przewodniczących Komitetu, razem z Mane Czuczkowem i Kiriłem Petruszewem. Rada powstała ostatecznie 2 sierpnia tego samego roku w monasterze św. Prochora Pczińskiego. Już podczas pierwszej sesji rady doszło do sporu między Andonowem-Czentą a Svetozarem Vukmanoviciem, który na obradach reprezentował Josipa Broza Titę.