Najwyższy Sąd Wojskowy w 1948 roku wszczął postępowanie w tej sprawie, lecz wyrok sądu niższej instancji nie uległ zmianie. Istnieją kontrowersje, czy wyrok ten był sprawiedliwy, oraz czy kmdr Kłoczkowski był winny zarzucanych mu czynów. Tym niemniej nawet historycy uznający, że kmdr. Kłoczkowskiemu za popełnione czyny zasądzona powinna być kara śmierci, przyznają, że jego proces był nierzetelny i popełniono w jego trakcie błędy proceduralne (nie przesłuchano żyjących świadków z załogi „Orła”, nie rozpatrywano odpowiedzialności KMW za niejednoznaczne dyspozycje w sprawie zawijania przez polskie okręty podwodne do portów neutralnych podczas działań wojennych).
thumb|250px|Incydent z Orłem w estońskiej gazecie z epoki