17 grudnia „Königsberg” wyruszył z kolejną misją dobrej woli, tym razem towarzysząc cesarskiemu bratu, księciu Henrykowi i delegacji oficerów marynarki, którzy udawali się do Malmö w Szwecji, na spotkanie z królem Oskarem II. Wizyta trwała do 20 grudnia. W roku 1908 „Königsberg” uczestniczył w rutynowych ćwiczeniach, zarówno indywidualnie, jak i w zespole okrętów; obyło się bez żadnych incydentów. Pod koniec roku odbył rejs szkoleniowy, początkowo na Bałtyku i Morzu Północnym, później na Atlantyku, który zakończył się na początku grudnia. Na przełomie 1908 i 1909 roku okręt został umieszczony w suchym doku celem dokonania okresowego przeglądu i już w pierwszych dniach lutego wrócił do służby. Teraz nastąpił okres typowych, rutynowych ćwiczeń, przerwany 16 lutego 1910 roku kolizją z nowym krążownikiem SMS „Dresden” w Zatoce Kilońskiej i dwoma podróżami w eskorcie cesarza: 9–13 marca na Helgoland i 8–27 maja do Wielkiej Brytanii. Kolizja z „Dresdenem” spowodowała znaczne uszkodzenia obu okrętów, ale nikt z członków załóg nie odniósł obrażeń. Obie jednostki remontowano w Kilonii. Od grudnia 1909 do września 1910 dowódcą okrętu był Fregattenkapitän Adolf von Trotha.