Po powrocie do domu, w latach 1842-1859, został przydzielony do parafii Canelones, gdzie pełnił najpierw funkcję wice proboszcza, a następnie proboszcza, wykonując powierzoną mu intensywną posługę, której celem było dotarcie do całej ludności tego rozległego terytorium. W tej miejscowości został również wybrany na członka Rady Administracyjno-Gospodarczej Departamentu.

4 października 1859 roku Vera został mianowany wikariuszem apostolskim w Montevideo i objął urząd 14 grudnia. Szukał odnowy wśród księży i w styczniu 1860 roku wezwał wszystkich księży na Ćwiczenia Duchowe, które chciał uczynić regularną rzeczą dla ich własnego wzrostu jako księży. Od 25 kwietnia 1860 r. do stycznia 1861 r. odbył podróż misyjną po całym kraju, aby spotkać się z różnymi ludźmi, głosić kazania i administrować. W Montevideo pojawiły się jednak komplikacje, które spowodowały, że został zesłany do Buenos Aires na okres od 8 października 1862 r. do 23 sierpnia 1863 roku. Wkrótce jednak został zaproszony do powrotu do ojczyzny po tym, jak Venancio Flores złożył mu taką propozycję;