Eksponaty i zbiory W muzeum znajduje się 39 sal z ekspozycjami (2015). Ekspozycje stałe znajdują się na półpiętrze oraz na 1. piętrze; parter obejmuje wejście, sklep i szatnie dla zwiedzających.
Na półpiętrze znajdują się wystawy geologiczne, mineralogiczne i petrograficzne. Do bardziej znaczących eksponatów należą: halit z Wieliczki o wadze około tony i długości kryształów dochodzącej do 30 cm oraz okaz kwarcu dymnego ważący 115 kg, wydobyty w 1868 roku z lodowca Tiefen w Szwajcarii. Poza tym można obejrzeć np. atakamit z Wallaroo (Australia), około 1100 meteorytów, w tym ważący około 300 kg Knyahinya z terenu obecnej Ukrainy i kawałek bazaltu z Księżyca o masie 83,7 g. Wystawy w salach 6–9 poświęcone są historii Ziemi oraz ewolucji; można zobaczyć np. szczątki kopalne roślin z późnego triasu, wydobyte w Lunz. W sali 10 ekspozycje dotyczą dinozaurów; jednymi z eksponatów są szkielety diplodoka, allozaura (A. fragilis) i iguanodona, które zwiedzający mogą obejrzeć z każdej strony. Dwie sale, 14 i 15, prezentują zbiory i wystawy antropologiczne. thumb|left|200px|Tanagrzec (Rhodinocichla rosea) W zbiorach muzeum znajduje się około 40 tysięcy czaszek;