Embry-Riddle zajmowało budynek przed przeprowadzką do Daytona Beach. Drogi wspólników się rozeszły, ale w 1939 Riddle ponownie skontaktował się z Embrym chcąc powrócić do kształcenia pilotów, jednak Embry nie był zainteresowany. Riddle, który teraz mieszkał w Miami na Florydzie, znalazł innego partnera: Johna G. McKaya i jego żonę Isabel. Zachowując nazwę Embry-Riddle, ponownie otworzyli Embry-Riddle School of Aviation, wchodząc w układ z Uniwersytetem Miami w celu nauczania pilotażu w ramach sponsorowanego przez rząd szkolenia pilotów cywilnych (), aby zwiększyć ilość pilotów w przededniu II wojny światowej. Szkoła Embry-Riddle School of Aviation szybko się rozrastała, i wkrótce przeniosła się do dawnego tzw. Hotelu Fritza (rozebranego w latach 70., obecnie na terenie lotniska w Miami).
Mimo że szkoła zaczęła od kształcenia pilotów i mechaników, obecnie uniwersytet oferuje ponad 40 stopni licencjackich i magisterskich. Co roku zapisuje się niemal 32 000 nowych studentów ze wszystkich 50 stanów i reprezentujących 125 narodowości: Worldwide Campus przyjmuje ponad 24 000 studentów, wydział w Daytona Beach – ponad 5100, a Prescott ponad 1700.