Zgodnie z rozporządzeniem Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z 22 września 2004, 1 stycznia 2005 Strażnica SG w Cisnej została przekazana z Bieszczadzkiego Oddziału SG i włączona w struktury Karpackiego Oddziału SG w Nowym SączuRozporządzenie Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z 22 września 2004 zmieniającym rozporządzenie w sprawie utworzenia oddziałów Straży Granicznej, ochrona polsko–słowackiego odcinka granicy państwowej ochranianego dotychczas przez Bieszczadzki Oddział Straży Granicznej powierzona została Karpackiemu Oddziałowi Straży Granicznej w Nowym Sączu ().:
Strażnica SG w Cisnej została rozwiązana w 2005.
Ochrona granicy W ochronie granicy dowódcy strażnicy ściśle współpracowali ze swoimi odpowiednikami tj. naczelnikami placówek OSH (Ochrana Statnich Hranic) CSRS.
Zasięg terytorialny thumb|Granica polsko-słowacka, znak gran. nr I/45 w rej. Czerenin (maj 2015) Straż Graniczna: 16 maja 1991 Strażnica SG w Cisnej ochraniała odcinek granicy państwowej z Czechosłowacją: Włącznie od znaku granicznego nr I/29 35px|alt= I/29, wyłącznie do znaku granicznego nr I/51. Linia rozgraniczenia z: Strażnicą SG w Wetlinie: włącznie znak gran.