W ramach reorganizacji struktur Straży Granicznej związanej z przygotowaniem Polski do wstąpienia, do Unii Europejskiej i przystąpieniem do Traktatu z Schengen. Podczas restrukturyzacji wprowadzono kompleksową ochronę granicy już na najniższym szczeblu organizacyjnym tj. strażnica i graniczna placówka kontrolna. Wprowadzona całościowa ochrona granicy zniosła podział na graniczne jednostki organizacyjne ochraniające tylko tzw. „zieloną granicę” i prowadzące tylko kontrole ruchu granicznego. W wyniku tego, 2 stycznia 2003 Strażnica SG w Szypliszkach została rozformowana i ochraniany odcinek wraz z obsadą etatową przejęła Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Budzisku (GPK SG w Budzisku)Zarządzenie nr 058 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 13.12.2002 zmieniające zarządzenie w sprawie organizacji wchodzących w skład Straży Granicznej komend, strażnic, granicznych placówek kontrolnych, dywizjonów, pododdziałów odwodowych oraz ośrodków szkolenia w ramach III etapu realizacji programu dostosowania Straży Granicznej do standardów Schengen, polegającą na włączeniu wytypowanych strażnic w struktury gpk.