Już w roku następnym biskup Jan został skierowany do eparchii sarapulskiej jako jej wikariusz, biskup wotkiński. Następnie był biskupem szackim, wikariuszem eparchii tambowskiej (1927), ordynariuszem eparchii uralskiej (1929–1930) i biskupem kurgańskim (1930–1931). Jego służbę w Kurganie przerwało aresztowanie i skazanie na pięć lat pozbawienia wolności za działalność antyradziecką. Karę odbywał początkowo w łagrze w Taszkencie, a następnie w Bek-Budi. W 1936 został zwolniony, lecz już rok później aresztowano go ponownie. Skazany na dziesięć lat łagrów, został zwolniony przedterminowo w 1942. Bezpośrednio po opuszczeniu obozu został dowieziony na Sobór Biskupów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego (pierwszy od Soboru Lokalnego w 1918). W 1943 został powołany na katedrę iżewską, na której pozostał przez dwa lata. Następnie od 1945 do 1948 był arcybiskupem ufijskim, po czym został przeniesiony w stan spoczynku i skierowany do monasteru w Żyrowicach. W 1953 mianowano go arcybiskupem uljanowskim.