Gra podwójna Patty Schnyder odnosiła sukcesy również w grze podwójnej. W 1998 wygrała zawody WTA w Hamburgu, partnerując Barbarze Schett. Z Austriaczką triumfowała również dwukrotnie w turnieju halowym w Paryżu (2003, 2004). W lutym 2002 zwyciężyła w Antwerpii w parze z Magdaleną Maleewą; ostatni tytuł odnotowała w 2008 w Stuttgarcie (z Grönefeld). Jedenaście razy kończyła turnieje deblowe w roli wicemistrzyni; między innymi w 1999 w Hilton Head (pierwsza kategoria) i w 2009 w Charleston (ranga Premier). Regularnie brała udział w imprezach wielkoszlemowych w tej konkurencji. W US Open 2004 awansowała do półfinału (z Schett, przegrały z Kuzniecową i Lichowcewą), a potem wyrównała ten wynik we French Open 2005 w duecie z Coriną Morariu. 6 czerwca 2005 zajmowała piętnaste miejsce w rankingu deblistek WTA.
Okazyjnie próbowała swoich sił w wielkoszlemowych turniejach gry mieszanej. Cztery razy odpadła w pierwszej rundzie, raz w drugiej, a podczas Australian Open 2009 uzyskała najlepszy rezultat, jakim jest ćwierćfinał. Jej partnerem był wówczas Wesley Moodie, a pogromcami szwajcarsko-południowoafrykańskiego duetu okazali się Anabel Medina Garrigues i Tommy Robredo.